Em 23 de Março de 1963, 97 operadores reuniram-se na sede do Sindicato dos Ensacadores e Carregadores de Café de Santos para discutir a criação da Associação Profissional dos Motoristas em Guindaste do Porto de Santos. Até então, a categoria era vinculada ao SINTRAPORT (Sindicato dos Operários Portuários). Em 8 de Junho de 1964 a entidade foi reconhecida pelo então Ministro do Trabalho, Arnaldo Lopes Sussekind, como Sindicato dos Motoristas em Guindaste do Porto de Santos, sendo que em 1998 passou a denominar-se Sindicato dos Operadores em Aparelhos Guindastescos, Empilhadeiras, Máquinas e Equipamentos Transportadores de Carga dos Portos e Terminais Marítimos e Fluviais do Estado de São Paulo.

Após nove anos instalado em uma sede alugada na praça da República, o SINDOGEESP comprou (em 21 de Dezembro de 1972) o atual imóvel, localizado na rua Doutor Manoel Tourinho, 168 no bairro do Macuco, em Santos. Durante esses 40 anos, o sindicato teve seis presidentes, sendo que entre 1974 e 1977 ficou sob intervenção política. Os trabalhadores que presidiram o SINDOGEESP foram:

Jarbas Pacheco Barroso, que ficou à frente da entidade por quatro gestões (1963/1966 - 1966/1969 - 1969/1972 - 1972/1974); Antonio Germano Nascimento Filho (1977/1980); José Carlos Galluzzi (1980/1983); Guilherme do Amaral Távora (1983/1986) - 1986/1989); Carlos Alberto Sartori (1989/1992); João Carlos Cruz (1992/1995) e novamente Guilherme do Amaral Távora, que está no comando do sindicato desde 1995, quatro gestões consecutivas.